Hello everyone!
I try to create my own extension to using nnunetv2 model.
First step is cropping data, because segmentation full file is not necessary and I have too little ram.
So I try to cropp Volume using ROI.
Is it normally that I receive two markups after click Create new ROI?
I guess that vtkMRMLMarkupsROINode both and vtkMRMLCropVolumeParametersNode causes create new markups.
I would like the user to be able to interactively select the area to be cropped.
Code responsible for marking area:
def onCreateNewROI(self):
if not self._parameterNode.inputVolume:
slicer.util.errorDisplay("Proszę wybrać obraz wejściowy przed
utworzeniem ROI.")
return
if not self._parameterNode.roinode:
self._parameterNode.roinode = slicer.mrmlScene.AddNewNodeByClass("vtkMRMLMarkupsROINode")
slicer.util.infoDisplay("Nowy ROI został utworzony. Możesz teraz edytować ROI na obrazie.")
if not self._parameterNode.cropVolume:
self._parameterNode.cropVolume = slicer.mrmlScene.AddNewNodeByClass("vtkMRMLCropVolumeParametersNode")
self._parameterNode.cropVolume.SetInputVolumeNodeID(self._parameterNode.inputVolume.GetID())
self._parameterNode.cropVolume.SetOutputVolumeNodeID(self._parameterNode.inputVolume.GetID())
self._parameterNode.cropVolume.SetROINodeID(self._parameterNode.roinode.GetID())
slicer.modules.cropvolume.logic().FitROIToInputVolume(self._parameterNode.cropVolume)
slicer.util.infoDisplay("Nowy ROI został utworzony. Możesz teraz edytować ROI na obrazie.")